Dve laboratorije u kojima su IAEA i Organizacija za hranu i poljoprivredu Ujedinjenih nacija (FAO) obučavali naučnike sada su u mogućnosti da koriste sekvenciranje genoma za karakterizaciju virusa koji uzrokuje COVID-19. Ova tehnologija bi, uz dalje unapređenje, mogla da im omogući da vide odakle virus potiče i podrži napore u traženju kontakata i analizu prenosa. Veterinarske laboratorije u Bosni i Hercegovini i Srbiji, zemljama koje su tokom proteklih sedmica zabeležile porast broja slučajeva, pomažu zdravstvenim vlastima u njihovim naporima da lokalizuju i zaustave epidemije.

Nadovezujući se na prethodnu tehnologiju

Lančana reakcija obrnute transkripcije-polimeraze u realnom vremenu – ili RT-PCR kakav je svet upoznao – je tehnologija nuklearnog porekla koja se široko koristi u otkrivanju virusa koji uzrokuje COVID-19. Ovom metodom koriste se fluorescentne boje za otkrivanje prisustva specifičnog genetskog materijala i pružanje naučnicima skoro trenutne rezultate o prisustvu virusa. Nadovezujući se na ovu tehnologiju, sekvenciranje celog genoma se koristi da bi se saznalo više o virusu, na primer kojoj grupi pripada, što stručnjacima omogućava da razumeju kada je i gde zaražen. To se postiže pomoću takozvanog filogenetskog stabla, koje pokazuje evolutivni odnos virusa kod pacijenta prema poznatim sojevima.

„Saradnjom multidisciplinarnog kriznog tima koji radi pod jednim zdravstvenim konceptom [zdravstvenih radnika životinja i ljudi], tačno možemo razumeti iz koje zemlje imamo unose viruse i odatle modifikovati svoje planove suzbijanja“, rekao je Goran Čerkez, pomoćnik ministra u Federalnom ministarstvu zdravstva u Bosni i Hercegovini. „Kroz sekvenciranje genoma možemo razumeti više o virusu, koliko je virulentan i da li se u toku vremena postoje promene virusa.“

Tanja Jovanović, virolog i profesor Medicinskog fakulteta Univerziteta u Beogradu, rekla je: „Veoma je važno imati saradnju dok pomažu organima javnog zdravlja kako bi se procenila efikasna intervencija i kako će se to promeniti u skladu sa promenama virusa. Upoređujući sekvenciranje u Srbiji sa susednim zemljama, bolje smo u mogućnosti da se krećemo po virusu i predvidimo koje mere za suzbijanje treba da budu na snazi. “

Podrška IAEA

Uz podršku IAEA putem mreže nacionalnih veterinarskih laboratorija poznatih kao VETLAB, Veterinarskog fakulteta Univerziteta u Sarajevu i Veterinarskog specijalizovanog instituta u Kraljevu, Srbija je sada u mogućnosti da izvede cjelokupno sekvenciranje genoma virusa COVID-19. Podrška IAEA-e, pružena kroz njen program tehničke saradnje, obuhvatala je tečajeve obuke, podršku stipendijama u drugim laboratorijama koje su već upoznate sa potrebnim tehnikama, kao i pomoćne materijale COVID-19.

Na Veterinarskom fakultetu u Sarajevu završeno je sekvenciranje cijelog genoma iz dva uzorka područja epidemije COVID-19 u zemlji. Filogenetsko stablo napravljeno na osnovu ovih informacija, u kombinaciji sa drugim rezultatima, navelo je naučnike da zaključe da je bilo više linija unosa virusa – što sugeriše da postoje zasebna čvorišta za infekcije koja dolaze izvan zemlje.

„Na početku pandemije veterinarske laboratorije bile su malo spremnije od laboratorija za ljudsko zdravlje, jer smo imali iskustva sa bolestima životinja i zoonoza“, rekao je Teufik Goletic, profesor na Odeljenju za bolesti i upravljanje ptičjim vrstama i šef Molekularne dijagnostike i Istraživačka laboratorija Univerziteta u Sarajevu. „Razmenjujući informacije i radeći pod jednim zdravstvenim pristupom, možemo sarađivati sa telima koja donose odluke i bolje planirati mere kontrole i proceniti uticaj COVID-19.“

U Veterinarskom specijalističkom institutu u Kraljevu testirano je više od 13.000 uzoraka ljudi na virus COVID-19. RNA je uzeta i analizirana čitavim sekvenciranjem genoma na početku pandemije COVID-19. Do sada je dobijeno 17 celih genoma. U toku je celokupno sekvenciranje genoma trenutnih pozitivnih slučajeva COVID-19 kako bi se utvrdilo da li se virus promenio. Analizom iz prvog ispitivanja naučnici su uspeli da otkriju da u Srbiji postoji više linija virusa COVID-19, poreklom iz nekoliko zemalja.

„Samo sekvenciranje genoma nije dovoljno, moramo naučiti šta ove sekvence i mutacije znače za prenos, patogenost i virulentnost i to se može koristiti za predviđanje da li će vakcina biti efikasna“, rekao je Dejan Vidanović, virolog iz Veterinarskog specijalizovanog instituta. u Kraljevu. „Kroz sekvenciranje možemo videti da postoji mnogo mutacija, ali ne znamo da li one menjaju patogenetska svojstva virusa. Mnogo ljudi radi na dešifrovanju ovih sekvenci i ako donesemo ispravne zaključke, lakše ćemo se boriti protiv ovoga. “

Podaci iz celog sekvenciranja genoma prenose se u bazu podataka Nacionalnog centra za biotehnološke informacije, veb lokaciju za bioinformatiku, što omogućava dalja istraživanja naučnika širom sveta. Kada naučnici izvrše sekvenciranje celog genoma i prenesu ove podatke u bazu podataka, mogu se uspostaviti veze globalno, što rezultira dubljim i tačnijim filogenetskim stablima. Na ovaj način se uvođenje virusa može pratiti do određenog mesta i naprezati.