Delatnost Instituta odvija se kroz više organizacionih celina koje su oformljene prema vrsti posla koje obavljaju. Nakon sagledavanja zahteva standarda ISO 9001 i ISO 17025, od 01.01.2005. godine, delatnost VSI „Kraljevo“ je organizovana u okviru više sektora i odeljenja. Organizaciona šema data je na sledećem organogramu:
